Semua siswa MTs-MA Miftahunnajah wajib mengikuti program boarding (mondok).
Sistem pendidikan di Miftahunnajah menerapkan kurikulum integrasi, antara kurikulum nasional, kurikulum pesantren dan Life Skill
Miftahunnajah kampus MTs dan Kampus MA keduanya berada di wilayah Kabupaten Sleman, yang merupakan kota pendidikan, kota dengan jumlah kampus terbanyak.
Di Miftahunnajah, para pengajar berasal dari berbagai pesantren dan peerguruan tinggi terkemuka. Mereka terus diasah untuk menjadi pendidik dan pengajar profesional.
Sejak berdiri hingga sekarang Miftahunnajah telah menorehkan prestasi yang gemilang baik dalam bidang akademik maupun non-akademik.
MTs Miftahunnajah dan MA Miftahunnajah Sleman telah mendapatkan Akreditasi dari BAN S/M dengan predikat A (Unggul).